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Prima di iniziare la somministrazione di azatioprina, è necessario effettuare i seguenti esami: emocromo, valutazione dei tipi di linfociti e inoltre esami di laboratorio per studiare la funzione di fegato e reni e per escludere la presenza di epatiti da virus B e da virus C. Infine si devono eseguire esame urine, esame radiologico del torace ed elettrocardiogramma. Emocromo ed esami relativi alla funzione dei reni e del fegato vanno poi ripetuti periodicamente.

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Tipo, frequenza e gravità degli effetti indesiderati dell’azatioprina dipendono anche dalla dose del farmaco e dalla durata dell’assunzione e possono risentire della malattia dalla quale è affetto il soggetto che la riceve, oltre che da eventuali altri trattamenti associati.

La riduzione del numero dei globuli bianchi, o leucopenia, è il più frequente effetto indesiderato dell'azatioprina e dipende da un’alterazione della funzione del midollo, che produce i globuli bianchi. L’effetto indesiderato risente della dose di farmaco somministrato e generalmente reversibile. La leucopenia si presenta di solito all’inizio della cura con azatioprina, ma in qualche caso è comparsa successivamente, in corso di terapia. L’azatioprina può provocare con discreta frequenza nausea, inappetenza con vomito occasionale e pancreatite. Fra gli effetti collaterali frequenti ci sono anche le infezioni. Sia in malati in trattamento con azatioprina da sola, che in quelli che l’assumevano insieme ad altri farmaci immunosoppressivi, come i corticosteroidi, è aumentata la frequenza di infezioni da virus, funghi e batteri. Si sono registrate anche forme gravi o atipiche e riattivazioni di Virus come quello denominato Varicella Zoster e il Virus B dell’epatite. Effetti indesiderati meno comuni o rari sono alterazioni di numero e forma delle cellule del sangue e dei globuli rossi, alterazioni a carico di fegato e colecisti e tumori del sangue e della pelle in pazienti che sono stati sottoposti a trapianti.

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