Il regolamento n. 279 18/05/2001 ha inserito 284 malattie e 47 gruppi di malattie rare nei LEA, i Livelli Essenziali di Assistenza, che stabiliscono le prestazioni e i servizi che il SSN (Sistema Sanitario Nazionale) è tenuto a fornire a tutti i cittadini gratuitamente o dietro pagamento di un ticket. Per i soggetti affetti dalle malattie rare incluse in tale elenco e riconosciuti in quanto tali è prevista l'esenzione dal pagamento per tutte le prestazioni necessarie al trattamento e al monitoraggio della loro patologia e alla prevenzione di ulteriori aggravamenti.

Nonostante il Decreto 279/2001 prevedesse un aggiornamento periodico dell'elenco delle malattie a oggi non è stato effettuato alcun aggiornamento del documento su scala nazionale ma in quattro regioni atti normativi regionali hanno esteso il numero delle malattie rare incluse in questo elenco.