Consiste nel trasferire all’interno dell’intestino di un soggetto malato il contenuto dell’intestino di soggetti sani, oppure il contenuto dell’intestino dello stesso soggetto malato, dopo averlo sottoposto a opportuni trattamenti. Il razionale dell’approccio consiste nell’inoculare in un intestino malato un campione di microbiota sano, arricchito di altre sostanze che ne possono amplificare l’effetto curativo. Fra le prime patologie nelle quali questa soluzione è stata applicata con successo, c’è l’infezione del colon provocata da un batterio denominato Clostridium difficile.